Псковская духовная семинария — старейшее учебное заведение города. Ее открыли в 20-е гг. XVIII в. стараниями епископа Псковского и Нарвского Рафаила (Заборовского). Она была создана на базе существовавших с 1733 г. греко-латинских классов, размещавшихся в одном из приделов Троицкого собора Пскова.
В 1738 г. специально для семинарии было выстроено здание рядом с подворьем Псково-Печерского монастыря. В 1770-х гг. здание было перестроено после пожара.
В XIX в. для расширения помещения семинарии архиепископ Евгений II (Казанцев) обратился в комиссию духовных училищ при Синоде с прошением о разрешении приобрести у жены инспектора Псковской врачебной управы Ефима Яворского деревянный дом на каменном основании за 6,5 тыс. рублей за счет средств семинарии. Комиссия разрешила произвести покупку дома Яворских и уведомила об этом архиепископа Евгения.
Некоторое время дом Яворских удовлетворял нуждам семинарии, но в 1840 г. снова встал вопрос о строительстве нового здания. Получив разрешение на строительство, руководство епархии обратилось за разработкой проекта и сметы к академику архитектуры, профессору Петербургской Академии художеств А.Ф. Щедрину. Строительство нового двухэтажного здания было осуществлено на месте бывшего дома Яворских. В здании располагались просторные светлые классы, хорошо приспособленные для занятий. В центральной части здания размещалась домовая церковь. В начале XX в. по проекту петербургского архитектора А. Павловского старое и новое здания были объединены. При перестройке здания в 1901-1904 гг. архитектор А. Павловский надстроил здание объемом домовой церкви во имя Трех святителей с купольным завершением (двусветный зал).
Купол над зданием семинарии напоминал о ее домовой церкви в честь Трех святителей. 14 (26) декабря 1891 г. в ней принял постриг преподаватель семинарии В.И. Белавин — будущий Святейший Патриарх Тихон. В память об этом 26 декабря 1997 г. на здании была установлена мемориальная доска. Еще до перестройки на фасаде была надпись: «Господи! Во свете Твоем узрели свет».
В 1918 г. Псковская духовная семинария была закрыта. В 1920-30-гг. в помещениях бывшей семинарии размещался Морской пограничный отряд ОГПУ, так как по Псковскому и Чудскому озерам проходила (как и сейчас) граница с Эстонией, а моряки псковского морпогранотряда несли охрану границы. Домовая церковь была ликвидирована, а облик здания изменился — исчезла церковная главка. Во время войны здание уцелело, и в нем обосновался Псковский педагогический институт. Сейчас в бывшем здании духовной семинарии размещается биологический факультет педагогического университета.
Здание духовной семинарии находится под охраной как памятник федерального значения (Указ Президента РФ № 176 от 20.02.1995).
