Иркутский во имя Знамения Пресвятой Богородицы женский монастырь начал строиться по грамоте, данной в 1689 г. митрополитом Сибирским и Тобольском Павлом, в одной версте от Иркутского острога на правом берегу р. Ангары в устье р. Иды (сейчас р. Ушаковка). Главным строителем — оpганизатоpом и pаспоpядителем всех строительных работ — был иркутский житель Влас Сидоpов. К 1693 г. его стараниями была построена первая деревянная церковь, которая была не только монастырской, но и приходской.
В 1757 г. в монастыре была заложено каменное здание Знаменской церкви на средства иркутского купца И.С. Бечевина. Главный храм был освящен около 1765 г., впоследствии к нему были пристроены приделы и к концу XVIII в. церковь стала четырехпрестольной.
К концу ХIХ века Иркутский Знаменский монастырь представлял из себя крупное хозяйственное образование. Монастырь славился своими мастерицами. Здесь шили парадные священнические одежды, плащаницы, ризы на иконы и другие богослужебные предметы. Шили также по заказам горожан и светские одежды: наряды для невест, дамские платья, башмаки и многое другое, занимались также художественной стежкой одеял. Монахини великолепно владели различными техниками шитья: лицевым, золотошвейным шитьем, вышивкой цветной и белой гладью, бисером и драгоценными камнями.
Знаменский монастырь был мощным очагом духовной культуры. В своем внутреннем управлении он следовал уставу, принятому в общежительных российских монастырях, по которому главная забота настоятельницы была «в сестрах своих укрепить веpу в Бога, согреть сердце их любовию к Богу и ближнему и укpепить их в подвигах иноческого жития». Постоянно при монастыре проживало несколько так называемых «эпитимийцев», т.е. отлученных по разным причинам от Церкви женщин. Они назначались на самые трудные монастырские работы и всегда имели перед собой пример высокого нравственного поведения монахинь, что давало им возможность встать на путь духовного совершенствования, очищения от грехов.
Сюда попадали и «государственные преступницы», присылаемые из Москвы и Петербурга. Невольницей монастыря была дочь знаменитого Артемия Волынского, казненного в Петербурге 27 июня 1740 г. во времена «бироновщины». Его несовершеннолетние дети ― Мария, Анна и Петр ― через три дня после казни отца были отправлены в Сибирь порознь, в особых повозках. Анна 25 ноября 1740 года была доставлена в Иркутский Знаменский монастырь и на следующий день приняла постриг с именем Анисьи. В октябре 1740 г. скончалась императрица Анна Иоанновна, и дети А. Волынского получили свободу. Анна Волынская хранила добрую память об Иркутской обители: из Петербурга она выслала в монастырь напрестольное Евангелие в богатом окладе, которое, к сожалению, в обители не сохранилось.
В 1893 г. при монастыре официально была учреждена школа для девочек, которых обучали чтению, письменной грамоте и церковному пению. В 1908 г. была открыта церковно-приходская школа. Кроме этого в монастыре действовал приют для детей (в 1912 г. в нем содержалось 44 девочки).
На территории монастыря находится некрополь. Здесь похоронили многих настоятельниц и монахинь монастыря; несомненно, здесь погребена преставившаяся 24 февраля 1744 г. первая игуменья Акилина. 20 июня 1795 г. похоронен основатель Российско-Американской компании Григорий Иванович Шелихов. По заказу его супруги Н.А. Шелиховой на его могиле поставлен мраморный памятник, выполненный мастерами Екатеринбурга, эпитафию для памятника сочинил поэт Г.Р. Державин. Здесь похоронена жена декабриста Е.И. Трубецкая (умерла в 1854 г.) с детьми, декабристы Н. Панов, П. Муханов, В. Бечаснов. У монастырских стен нашли свое последнее пристанище члены семей известных купеческих династий Иркутска: Трапезниковых, Котельниковых, Родионовых, Тельных, Голдобиных, Малых и др. В 1960 г. из Братского района привезли останки второго иркутского епископа Иннокентия (Неруновича), скончавшегося в июне 1747 г. в Братской Спасской пустыне, и похоронили на Иркутском Радищевском кладбище. Это было вызвано тем, что территория Братской пустыни при строительстве Братской ГЭС попадала под затопление. 14 октября 2001 г. мощи свт. Иннокентия (Неруновича) были перезахоронены у алтаря Казанского придела Иркутского Знаменского собора.
В ночь с 6 на 7 февраля 1920 г. в непосредственной близости монастыря были расстреляны Верховный правитель России Александр Колчак и председатель Совета министров Виктор Пепеляев. С приходом в Иркутск Власти Советов, в распоряжении местной епархии остается только здание церкви, а монастырь закрывается. В религиозных помещениях размещают отделы Гидроавиаторов.
В 1926 г. Знаменский храм стал приходским, а с 1929 г. начал выполнять функции кафедрального собора, так как собор Богоявления был закрыт, а Казанский кафедральный собор и вовсе снесен.
В 1934 г. постановлением Президиума городского совета от 11 июля Знаменская церковь была закрыта и отдана под рабочий клуб. Все иконостасы были сломаны и стены храма постепенно разрушались. В середине 1940-х годов Знаменская церковь начала возрождаться. Иконостасы собирали из сохранившихся кусочков. Знаменский иконостас был сделан весь заново, от старого были использованы только Царские врата.
Знаменская церковь была возвращена епархии в 1945 г. В 1948 г. ей был возвращен статус кафедрального собора.
30 августа 1960 г. комплекс Знаменского монастыря Постановлением Совета Министров РСФСР № 1327 (Приложение 1) переведен в ранг памятников архитектуры республиканского (федерального) значения и поставлен на государственную охрану.
В 1990 г. в обитель были перенесены мощи свт. Иннокентия (Кульчицкого).
