24 декабря 1992 года Синод Румынской Церкви принял акт о воссоздании «Бессарабской митрополии», которая функционировала в 1918-1940 и 1941-1944 годах. Во главе митрополии встал епископ Петр (Пэдурару), решениями Священного Синода Русской Православной Церкви от 5 октября и 22 декабря 1992 г. запрещенный в священнослужении «впредь до полного раскаяния».

В ноябре 2004 г. Дирекция по делам культов Республики Молдова зарегистрировала образование Кишиневской епархии «Бессарабской митрополии». Общины «Бессарабской митрополии» были учреждены в Москве, в Московской области, в Чебоксарах, в Черновцах и в Одесской области.

24 октября 2007 г. Синод Румынской Православной Церкви принял решение о «воссоздании» трех епископатов в составе «Бессарабской митрополии» на территории Молдовы и прилегающей к ней части Украины: Бельцкого, Южной Бессарабии и Дубоссар и всего Приднестровья.

29 октября 2007 года Синод Православной Церкви Молдовы принял декларацию, адресованную Румынскому Патриарху Даниилу, в которой оценивал акт Румынской Патриархии как «прямое и агрессивное вмешательство в каноническую территорию другой церковной структуры».

7 ноября 2007 г. было принято заявление Священного Синода Русской Православной Церкви, в котором был заявлен решительный протест против нового вторжения в наши канонические пределы и содержался призыв к Священному Синоду Румынской Православной Церкви отменить принятые им постановления. Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий направил письма Предстоятелям Поместных Православных Церквей с просьбой выразить свое отношение к действиям румынской стороны.

21 ноября 2007 г. состоялись переговоры делегаций Русской и Румынской Церквей в Троянском монастыре в Болгарии, не приведшие к результатам.

31 октября 2007 г. Священным Синодом Румынской Православной Церкви был опубликован пресс-релиз, в котором подчеркивалось, что учреждение трех упомянутых епархий является «восстановлением» епископий, бывших до 1944 года.

В марте 2008 г. было опубликовано заявление Службы коммуникации ОВЦС МП об аргументах представителей Румынской Православной Церкви, оправдывающих решение об учреждении епархий «Бессарабской митрополии». Документ содержал фундаментальное опровержение упомянутых аргументов.

16 июля 2011 г. в с. Камышовка Измаильского р-на Одесской обл. «митрополит» Петр Пэдурару освятил храм «Бессарабской митрополии», построенный на земле частного лица.

26 августа 2011 года Священный Синод Украинской Православной Церкви выразил обеспокоенность деятельностью «Бессарабской митрополии» Румынской Православной Церкви на канонической территории Украинской Православной Церкви (журнал № 63). От имени Синода митрополит Владимир направил соответствующее письмо Патриарху Румынскому Даниилу.

«Бессарабской митрополией» планируется открытие еще одного румынского прихода в г. Рени Одесской области (в стадии регистрации).