Иеромонахи Иоанникий (в миру — Иоанн, 1633–1717) и Софроний (в миру — Спиридон, 1652–1730) Лихуды, греки по национальности, потомки византийского княжеского рода царской крови, были родом из Кефалонии. Получили образование в Греции, потом в Венеции и Падуанском университете. По возвращении на родину Иоанн принял сан священника, а Спиридон — монашеский постриг (позднее, овдовев, принял пострижение и старший брат). Затем они несколько лет состояли в Греции учителями и проповедниками.
Когда русское правительство задумало завести в Москве высшую школу с именем Академии, царь Фёдор (1682 год) просил восточных Патриархов о присылке в Москву православных и искусных учителей. Патриархи указали на Лихудов, которые и прибыли в Россию в 1685 году.
В следующем 1686 году братья начали преподавать в существовавших уже «заиконоспасских школах», помещавшихся в Заиконоспасском монастыре, и в течение восьми лет преподавали, встречая большие препятствия со стороны бывших в то время в Москве ученых из Малороссии. За три года учителя успели пройти целый курс, состоявший из грамматики, пиитики, риторики, логики и физики частью на греческом, частью на латинском языках. Ученики их говорили на обоих языках и перевели несколько книг, а старшие из них начинали и сами заниматься обучением начинающих.
В 1688 году Иоанникий в звании русского посла отправился в Венецию, где пробыл около четырех лет. В 1694 году по требованию иерусалимского Патриарха Досифея, недовольного тем, что братья вели преподавание в академии не только на греческом, но и на латинском языках, оба брата были устранены от преподавания в академии и определены для занятий к московской типографии.
В 1697 году указом Петра I им поручено было обучать 55 человек итальянскому языку (из 55 учились лишь 10, остальные отговорились). Их продолжали обвинять то в ересях, то в каких-то политических интригах в Царьграде.
В 1701 г. они были сосланы в костромской Ипатьевский монастырь.
В 1706 г. новгородскому митрополиту Иову позволено было поручить им устройство в Новгороде славяно-греко-латинской школы по образцу московской. Из Новгорода они снова вызваны были в Москву, для занятий в академии и для участия в исправлении Библии, вначале Софроний в 1709 году, а потом Иоанникий в 1716 году.
Около 1720 года, после смерти Иоанникия, Софроний был назначен настоятелем Солотчинского монастыря в Рязанской епархии. Монахи не любили настоятеля-грека, получившего эту должность не по их выбору, а по назначению начальства. Они отказывались подчиняться его распоряжениям, несколько раз держали его под арестом в его келье, покушались даже на его жизнь. Он бежал в Москву, где его жалобы не имели успеха вследствие подкупа судей монастырскими стряпчими, ненавидевшими Софрония за то, что он препятствовал расхищению ими монастырских имуществ.
Труды братьев Лихудов еще не получили всесторонней оценки, так как до сих пор не рассмотрены все составленные ими учебники (по грамматике, риторике, логике, физике, математике, психологии, богословию), по которым происходило преподавание в Заиконоспасской академии (они находятся в рукописях в разных библиотеках). Можно предположить, что для этих сочинений Лихуды более или менее воспользовались теми курсами, которые сами слушали в Падуе.
Из учеников Лихудов образовалось целое поколение первых собственно русских ученых, каковы Поликарпов, Феолог, Головин, Козма, Иов, Палладий Роговский и другие, отчасти бывшие профессорами академии и ее начальниками, отчасти трудившиеся по исправлению Библии и издавшие ряд ученых сочинений.
Лихудам было также суждено сыграть решающую роль в разгоревшемся в Москве споре о времени пресуществления Святых Даров на Божественной литургии, которому предшествовали академические споры Епифания Славинецкого и Симеона Полоцкого (1673 г.).
После приезда у Лихудов состоялся спор с Яном Белобоцким (1685 г.) В это же время лидер партии "латинофилов" Сильвестр Медведев издает трактат "Хлеб животный". Лихуды и инок Евфимий Чудовский пишут ряд трактатов, то же делает и Сильвестр ("Книга о манне хлеба животного"). В ответ братья написали сочинение «Акос, или врачевание от угрызений змиевых». Сильвестр издал второе сочинение против них — «Тетрадь на Лихуд»; они ответили книгой: «Диалоги грека учителя к некоему Иисуиту». Хотя полемика по спорному вопросу продолжалась вплоть до нач. XVIII в., но именно благодаря Лихудам этот вопрос был бесповоротно решен в пользу православного греческого мнения.
Вслед за тем против католичества написаны ими еще два сочинения: «Показание истины» (1689 год) и «Мечец духовный или разговор с иезуитом Руткою в Польской земле».
Также ими написаны сочинения против лютеран: «Иоанникия и Софрония обличение ересям Лютера и Кальвина», против раскольников: «Коллурий от лютой страсти очеболения Капитоновского» и «Письмо к императору Петру I о ересях Кальвина и Лютера» (напечатано в журнале «Странник», 1861 г.). Кроме того, известны еще «Философские ответы Софрония» и полный список Библии с исправлениями, сделанными Софронием.
Заслуживают упоминания и проповеднические сочинения Лихудов:
Иоанникия:
∙ «Речь Патриарху», 1691 год;
∙ «Надгробное слово царице Наталье Кириловне» 1694 год;
∙ «Похвальное слово царю Иоанну» 1696 год;
∙ «Похвальное слово царю Петру I по взятии Азова» 1697 год;
∙ «Похвальное слово ему же по возвращении из Голландии» 1698 год;
∙ «Поучение на пятую неделю Великого Поста» 1701 год.
Софрония:
∙ «Слово на день рождения Петра I»;
∙ «Слово о Софии, премудрости Божией» 1708 год;
∙ «Похвальное слово святому Варлааму Хутынскому»;
∙ «Житие Варлаама»;
∙ «Триумф о мире с Швецией» 1721 год;
∙ «Слово похвалительное о преславном венчании императрицы Екатерины Алексеевны» («Русский Архив» 1863 год;
∙ «Слово о предопределении», изданное Д. В. Цветаевым в «Памятниках протестантства в России» и в «Чтение Московского Общества Истории» за 1883 и 1884 годы.
