Святитель Филипп, митрополит Московский, в миру Феодор, родился в 1507 году и происходил из знатного боярского рода Колычевых, занимавших видное место в Боярской думе при дворе московских государей.. Мать его, овдовев, стала монахиней и основала в Москве Варсонофьевский монастырь. Будущий святитель Филипп жил сначала при дворе государя, но в 1537 году после участия в мятеже удельного князя Андрея Старицкого бежал в Соловецкий монастырь, где принял монашество. В 1548 году стал игуменом и среди духовенства выделялся суровым, непреклонным характером. В этом сане он ревностно заботился о благосостоянии обители в материальном, а больше — в нравственном отношении.

Стремясь опереться на церковный авторитет, в 1565 году Иван Грозный предложил ему возглавить московскую кафедру. Филипп соглашался при условии отмены царем опричнины. Иван Грозный сумел уговорить Филиппа, чтобы тот не вмешивался в государственные дела, но зато получил право «советования» с государем, включавшее возможность «печалования» за опальных.

В первое время святительства Филиппа (1567-1568 гг.) утихли ужасы опричнины, но так было недолго. Вскоре опять начались грабежи и убийства мирных граждан, Русь пришла в великое неустройство. Святитель Филипп несколько раз в уединенных беседах с царем старался вразумить его, но, видя, что убеждения помогают, решился действовать открыто,  призвав Грозного к милосердию публично.

В марте перед Великим постом, в неделю Крестопоклонную, царь в черной одежде опричника пришел к литургии в Успенский собор и просил митрополита Филиппа благословить его. Тот отказался, осудив самозванное иночество Грозного. Задыхаясь от гнева, вышел Грозный из собора.

В ноябре 1568 года послушные царю иерархи на церковном Соборе признали Филиппа виновным в колдовстве и чародействе, что не соответствовало действительности. Через три дня на литургию в Успенский собор Кремля ворвались опричники, содрали с Филиппа ризы и с позором потащили вон из храма, посадили на повозку и повезли за пределы города. Иные же ругались над ним и метлами били. А народ московский, забыв о страхе, с плачем бежали за ним.

Митрополит был заточен в Богоявленский монастырь, а потом свезен в Тверской Отрочь монастырь. Здесь, по приказу Ивана Грозного, 3 декабря 1569 года он был задушен главой опричников Малютой Скуратовым. После мученической кончины святителя Филиппа (+23 декабря 1569 года) тело его было погребено в Отроче монастыре, в Твери.

Иноки Соловецкой обители, где он прежде был игуменом, испросили в 1591 году позволение перенести его мощи в свой монастырь. Многострадальное нетленное тело было положено в могилу, приготовленную епископом Филиппом для себя еще при жизни, под папертью храма преподобных Зосимы и Савватия Соловецких, около гроба старца Ионы (Шамина), любимого наставника его в монашеских подвигах.

29 апреля 1646 года игумену Соловецкой обители Илии послана была грамота Патриарха Иосифа о торжественном открытии мощей святителя и чудотворца Филиппа. 31 мая мощи переложили в новую раку и поставили в Преображенском соборе.

В 1652 году Никон, тогда еще митрополит Новгородский, предложил перенести в Москву мощи трех святителей-мучеников: митрополита Филиппа, Патриархов Иова и Ермогена. По благословению Патриарха Иосифа митрополит Никон отправился в 1652 году в Соловки за мощами святителя Филиппа и торжественно перенес их в Москву.

В руки святого была вложена покаянная грамота царя Алексея Михайлович в которой он молил о прощении грехов своего прадеда Иоанна Грозного, «склоняя» свою власть перед властью церковной. 3 июля святые мощи встречали в Москве: «пастырь, невинно изгнанный, был возвращен на свой престол». В Успенском соборе «на самой средине стоял он 10 дней» и во все дни с утра до вечера был звон, как в Пасхальную неделю. Затем святые мощи были поставлены в Успенском соборе у южной двери алтаря.