Исааковская пустынь одна из самых древних на Большом Соловецком острове. Некоторые исследователи предполагают, что возникла она, возможно, еще во времена игуменства будущего святителя Филиппа, когда прокладывали дорогу от монастыря до Сосновой губы. Уже в XVII веке здесь стояла деревянная часовня во имя Исаакия Далматского, давшая название пустыни, и были расчищены сенокосы.

В XVIII веке расположенные вокруг богатые рыбой озера сделали эту пустынь центром рыболовства. В 1880-е годы при архимандрите Мелетии под руководством монаха Феоктиста там устроили большой садок для рыбы.

В начале XIX века в пустыни был построен деревянный двухэтажный келейный корпус со службами, позднее, в 1834 году, еще один большой деревянный дом, сгоревший зимой 2007 года. В начале ХХ века пустынь получила устав скита.

Во времена СЛОНа Исааково было центром лесозаготовок. В послевоенные годы постройки скита использовались под жилье. В начале 1970-х годов скит был передан под базу отдыха одному из архангельских предприятий, а в начале XXI века он находился в частной собственности.

17 сентября 2006 года в Исаково был установлен шестиметровый поклонный крест.

На лугах вблизи Исакова расположены основные монастырские сенокосные угодья. В заготовке сена на зиму братии всегда помогают трудники и паломники.

По материалам сайта Соловецкого монастыря