9 июня 1998 года в Москве под председательством Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II состоялось очередное заседание Священного Синода Русской Православной Церкви.
По суждении об исполняющемся 17 июля сего года 80-летии со дня страстотерпческой кончины Императора Николая II, членов его семьи и их верных слуг Священный Синод определил:
«1. В ознаменование 80-летия страстотерпческой кончины Императора Николая II, членов его семьи и их верных слуг совершить в храмах Русской Православной Церкви панихиду с возношением молитвы "о упокоении душ усопших рабов Божиих убиенных Государя Императора Николая Александровича, супруги его Александры Феодоровны, чад их Ольги, Татианы, Марии, Анастасии, Алексия, верных слуг их и всех в годину лютых гонений за веру Христову умученных и убиенных, их же имена, Господи, Ты Сам веси"».
2. В связи с этой скорбной датой обратиться с Посланием Священного Синода к Полноте Русской Православной Церкви».
Священный Синод имел суждение о предстоящем захоронении 17.07.1998 в Санкт-Петербурге «екатеринбургских останков» и постановил:
«1. Подтвердить позицию Церкви, выраженную в Определении Священного Синода от 26 февраля сего года, в котором, в частности, говорится: "Оценка достоверности научных и следственных заключений, равно как и свидетельство об их незыблемости или неопровержимости, не входит в компетенцию Церкви… Решение Государственной Комиссии об идентификации найденных под Екатеринбургом останков как принадлежащих семье Императора Николая II вызвало серьезные сомнения и даже противостояния в Церкви и обществе… В связи с этим Священный Синод высказывается в пользу безотлагательного погребения этих останков в символической могиле-памятнике. Когда будут сняты все сомнения относительно «екатеринбургских останков» и исчезнут основания для смущения и противостояния в обществе, следует вернуться к окончательному решению вопроса о месте их захоронения".
2. Учитывая вышеизложенное, считать невозможным участие в захоронении "екатеринбургских останков" Предстоятеля Русской Православной Церкви или любого иного ее иерарха. 3. Имея в виду поступающие в адрес Священноначалия просьбы о сопровождении захоронения подобающими церковными действиями и памятуя о том, что Церковь в совершении подобных действий никогда и никому не отказывает, благословить Преосвященному митрополиту Санкт-Петербургскому и Ладожскому Владимиру направить клириков из числа подведомственного ему духовенства для совершения 17 июля сего года панихиды в соборе святых апостолов Петра и Павла в Петропавловской крепости Санкт-Петербурга».
Была одобрена позиция делегации Русской Православной Церкви на Всеправославной встрече на тему «Оценка новых фактов в отношениях между Православием и экуменическим движением» (Салоники, Греция, 29.05-2.06.1998). Священный Синод выразил удовлетворение в связи с тем, что в ходе встречи было достигнуто всеправославное единство позиции в вопросе об отношении к экуменическому движению и, в частности, ко Всемирному Совету Церквей (ВСЦ). Было отмечено единодушие представителей Православных Церквей в вопросе о необходимости продолжать участие в межхристианских контактах. Священный Синод обратил особое внимание на единогласное осуждение раскольнических групп внутри Поместных Православных Церквей, которые используют тему экуменизма для критики церковного руководства, тем самым пытаясь посеять разногласия и расколы в Церкви. Было одобрено принятое на Всеправославной встрече решение о направлении на очередную Ассамблею ВСЦ делегаций с ограниченным мандатом от всех Поместных Православных Церквей для единогласного всеправославного свидетельства о кризисе ВСЦ и представления участникам Ассамблеи заявления Всеправославной встречи.
Священный Синод принял к сведению информацию о прошедшем праздновании Дня славянской письменности и культуры и счел необходимым создать постоянную комиссию под председательством ректора Московской духовной академии для ежегодной координации конференций в России, посвященных этому Дню.
Заслушав сообщения об интронизации Блаженнейшего Архиепископа Афинского и всея Эллады Христодула и Блаженнейшего Митрополита Варшавского и всея Польши Саввы, Священный Синод возблагодарил Господа о даровании новых Предстоятелей Элладской и Польской Православным Церквам и выразил надежду на развитие традиционных братских межправославных связей.
Священный Синод благословил открытие 7 мужских (в Екатеринбургской, Московской, Кишиневской, Орловской, Санкт-Петербургской епархиях) и 7 женских (в Алматинской, Екатеринбургской, Кишиневской, Ташкентской, Уфимской епархиях) монастырей. Были приняты некоторые кадровые решения по монастырям в различных епархиях.
В связи с освящением 12.04.1998 часовни во имя святителя Алексия, митрополита Московского, в Лимассоле, Кипр, на участке, переданном Кипрской Архиепископией Русской Православной Церкви, была выражена благодарность оказавшим в этом содействие Кипрской Православной Церкви, Правительству Москвы во главе с мэром Ю.М.Лужковым и Чрезвычайному и Полномочному Послу России на Кипре.
Священный Синод выразил удовлетворение итогами V Богословского собеседования между представителями Русской Православной Церкви и Германской Епископской Конференции Римско-Католической Церкви на темы: «Единство и многообразие Церкви» и «Границы Церкви» (Минск, Беларусь, 14-16.05.1998) и очередного богословского собеседования с представителями Евангелической Церкви в Германии на тему «Церковь, народ, государство в Европе» (Минск, Беларусь, 23-27.05.1998). Было признано полезным продолжение данных богословских диалогов.
Был скорректирован состав представителей Русской Православной Церкви в Координационном комитете по сотрудничеству между нею и Церковью Англии. Священный Синод назначил делегацию Русской Православной Церкви на XI Богословское собеседование ее представителей с представителями Евангелической Церкви Финляндии на тему «Церкви, религиозная свобода и отношения между Церковью и государством» (Лаппенранта, Финляндия, 12-19.10.1998).
