Преподобный Пафнутий Боровский родился в 1394 году в селе Кудинове, недалеко от Боровска, и при крещении был назван Парфением. Его отец Иоанн был сыном крестившегося татарина-баскака Мартина, мать Парфения носила имя Фотиния. 20-ти лет Парфений оставил родительский дом и в 1414 году принял постриг с именем Пафнутий в Покровском монастыре на Высоком от настоятеля Маркелла. Много лет подвизался инок Пафнутий в обители. Когда скончался настоятель монастыря, братия избрала его игуменом. Святитель Фотий, митрополит Киевский, рукоположил преподобного в священный сан (около 1426 г.). Тридцать лет провел преподобный в Покровской обители, где был и настоятелем, и старцем-духовником. На 51-м году жизни он тяжело заболел, оставил игуменство и принял великую схиму. После выздоровления в день святого великомученика Георгия Победоносца, 23 апреля 1444 года, ушел из монастыря и поселился с одним иноком на левом берегу реки Протвы, при впадении в нее реки Истерьмы. Вскоре на новое место к нему стала собираться братия. Число иноков быстро возрастало. Был построен новый каменный храм, вместо прежнего деревянного, в честь Рождества Пресвятой Богородицы. В росписи храма принимал участие лучший иконописец того времени Дионисий и его помощники. Преподобный Пафнутий подавал пример братии, ведя строгую жизнь: келлия его была беднее всех, из пищи брал худшее. В понедельник и пятницу не вкушал совсем, а в среду держался сухоядения. Из общих работ преподобный избирал самые тяжелые: рубил и носил дрова, копал и поливал огород, в то же время первым приходил на церковную службу.

Преподобный Пафнутий пользовался глубокой любовью и почитанием не только братии своего монастыря, но и других обителей. Промыслом Божиим в обитель к преподобному был направлен двадцатилетний юноша Иоанн Санин. Испытав пришедшего, преподобный постриг его в иночество с именем Иосиф. Впоследствии преподобный Иосиф Волоцкий, твердо хранивший чистоту Православной веры, возглавил борьбу против ереси жидовствующих, осужденной на Соборе 1504 года. На этот подвиг молодого инока благословил преподобный Пафнутий.

За неделю до смерти преподобный предсказал свою кончину. Исполнив последнюю молитву и благословив братию, он отошел к Богу 1 мая 1477 года. Преподобный Пафнутий был последователем Преподобного Сергия, игумена Радонежского.