Ильинско-Черниговская икона Божией Матери была написана в 1658 году иконописцем Григорием Константиновичем Дубенским, в монашестве Геннадием. В 1662 году в течение 8 дней, с 16 по 24 апреля, от иконы истекали слезы. В том же году татары напали на Чернигов и разорили его. В полночь они ворвались в Троицкую обитель, вошли в церковь, опрокинули все иконы, взяли всю утварь, но чудотворная икона со всеми украшениями осталась неприкосновенной. Невидимая сила не допустила нечестивцев до святой иконы. Царица Небесная не допустила также, чтобы враги вошли в пещеру преподобного Антония Печерского, где скрывалась братия обители. Внезапно, как бы устрашенные непостижимым видением, татары обратились в бегство.

Чудеса Божией Матери от Ее Черниговской иконы описал святитель Димитрий Ростовский (память 28 октября и 21 сентября) в книге "Руно Орошенное". Позднее о Черниговской иконе Божией Матери писал святитель Тобольский Иоанн († 1715, память 10 июня).

Чудотворный список Черниговской иконы Божией Матери, находившийся в Гефсиманском скиту Троице-Сергиевой Лавры, прославился в 1869 году.