Азербайджан и Дагестан — многонациональные республики с древней и богатой культурой. На протяжении веков здесь жили представители разных народов и последователи различных религий.

По преданию, семена христианства были впервые посеяны на берегах Каспийского моря еще в І веке одним из 12-ти учеников Иисуса Христа — святым апостолом Варфоломеем, принявшим мученическую кончину в городе Альбанополе (современном г. Баку), у подножия Девичьей башни. Его дело продолжил ученик святого апостола Фаддея святой равноапостольный Елисей, первый епископ Албанский. Известно, что христианство было широко распространено на территории современного Азербайджане в течение  всего средневековья.

С появлением русского населения в начале XIX века христианство на территории Азербайджана получило новый импульс для своего развития. В Гяндже, Шемахе, Баку, а также в Дагестане — в Порт-Петровске (Махачкале), Кизляре и Дербенте — были построены русские православные храмы. В первое десятилетие XX века в Баку было 17 православных храмов, а в целом по Азербайджану — более семидесяти.

В 1919 г. постановлением Священного Синода Русской Православной Церкви в целях нормализации духовной жизни на территории Азербайджана и Дагестана была создана Бакинская и Прикаспийская епархия, просуществовавшая до 1934 г. С кончиной епископа Бакинского и Прикаспийского Митрофана (Поликарпова) Бакинская кафедра не замещалась.

С 1944 г. в Азербайджане и Дагестане стали вновь возрождаться православные приходы, которые вошли в состав Ставропольской и Бакинской епархии Русской Православной Церкви.

28 декабря 1998 года решением Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II и Священного Синода Русской Православной Церкви была восстановлена Бакинская и Прикаспийская епархия, ставшая 128-й епархией Русской Православной Церкви. Епископом Бакинским и Прикаспийским определено было быть благочинному православных приходов Азербайджана архимандриту Александру (Ищеину), прослужившему к тому времени на Кавказе, в том числе в Азербайджане, больше 20 лет. В состав возрожденной епархии вошли православные приходы на территориях Азербайджанской Республики и Республики Дагестан.

В настоящее время в Бакинской и Прикаспийской епархии насчитывается 23 прихода, из них городских — 14, сельских — 9. На территории епархии — 22 действующих храма, 1 женский монастырь, 5 часовен, 1 молитвенный дом и 2 молитвенные комнаты на территории исправительно-трудовых учреждений; 5 воскресных школ для взрослых и детей.

По данным на 1 октября 2009 г. в епархии несут пастырское послушание 58 священнослужителей, из них 43 священника и 15 диаконов.