Название Троицкого монастырь, основанный в 1427 году святителем Ефремом, архиепископом Ростовским, получил от воздвигнутого изначально при нем храма в честь Живоначальной Троицы. Причину же построения храма именно в честь Живоначальной Троицы местное предание тесно связывает с тем обстоятельством, что место, ныне занимаемое монастырем, в XIV веке входило в состав поместья Кирилла и Марии — благочестивых родителей преподобного Сергия, Радонежского чудотворца, и что на этом самом месте явился ангел Господень отроку Варфоломею (мирское имя преподобного Сергия).
Вероятно с целью увековечить в памяти грядущих поколений место родины великого подвижника земли русской в Варницах Ростовских воздвигли храм и в подражание основанной преп. Сергием обители Троицкой (ныне Троице-Сергиева Лавра), также назвали его Троицкой.
Что же касается названия Варницкий, то оно присвоено монастырю потому, что рядом с ним с древних времен до конца XVII столетия находились соляные варницы.
В полном собрании исторических сведений о монастыре упоминается жалованная грамота, данная Варницкому монастырю царем Михаилом Федоровичем в 1624 году, в которой обитель эта значится, как существовавшая и при царе Иоанне и при отце его Великом князе Василии Иоанновиче.
Во время нашествия поляков на Ростов монастырь не избежал общей участи: был сожжен и разграблен.
В 1725 году по распоряжению Георгия, Архиепископа Ростовского и Ярославского, монастырь был обращен в женский. В обитель были переведены несколько монахинь из Ростовского Рождественского Девичьего монастыря.
В том же 1725 году игуменья и сестры обратились к преосвященному Георгию с прошением перевести их обратно в Рождественский монастырь, так как в Варницком, находившемся в некотором удалении от города, ощущался недостаток во всем, начиная с воды и кончая дровами. Монахини пробыли в монастыре до 1731 года, после чего он снова был обращен в мужской.
В 1770 г. епископ Ростовский Афанасий построил в монастыре на собственные средства соборную церковь во имя св. Троицы. В храме имелось два придела во имя прп. Сергия Радонежского и свв. Кирилла и Афанасия Иерусалимских. Храм в честь Введения во храм Пресвятой Богородицы построена в 1828 г.
После 1917 г. Троицкий собор, колокольня, кладбище и стены монастыря были разрушены, а Введенская церковь перестроена.
В 1995 г. монастырь возвращен Церкви.
