Черниговская-Гефсиманская икона Божией Матери является списком с прославленной Черниговской-Ильинской иконы Божией Матери, которая находилась в Троицком Ильинском монастыре близ Чернигова, на Болдиной горе, где в ХI в. некоторое время подвизался преподобный Антоний Печерский. Описанию чудес от этой иконы, начавшихся 16-24 апреля 1662 года, святитель Димитрий Ростовский посвятил книгу "Руно Орошенное", заканчивая которую он писал: "Конец книжки, но не чудес Пресвятой Богородицы, ибо кто может их исчислить". Благодатная сила этой иконы проявилась и в ее списках.

Икона Божией Матери Черниговская-Гефсиманская была написана на полотне в ХVIII в. и передана в 1852 году в Троице-Сергиеву Лавру Александрой Григорьевной Филипповой, благоговейно хранившей ее у себя четверть века. (К ней эта икона перешла как благословение хотьковского священника Иоанна Алексеева, которому, в свою очередь, она досталась от одного из монахов Троице-Сергиевой Лавры.) По совету наместника Лавры архимандрита Антония († 1 мая 1877) икона была помещена в новоустроенном пещерном храме в честь святого Архистратига Михаила, который был освящен 27 октября 1851 года митрополитом Московским Филаретом († 19 ноября 1867), принимавшим деятельное участие в строительстве Гефсиманского скита. Таким образом, икона впитала благодатные токи всей истории Русской Церкви, она стяжала благословения преподобного Антония Печерского, Преподобного Сергия Радонежского, его родителей, схимонахов Кирилла и Марии († 1337; заупокойная литургия по ним с чтением специальной молитвы совершается 28 сентября и в четверток седмицы мытаря и фарисея), и, наконец, подвижников ХIХ в. Эти духовные связи промыслительно обнаружились через Черниговскую-Гефсиманскую икону Божией Матери.

Знаменательно, что первое чудо от этой иконы было засвидетельствовано в день церковного Новолетия - 1 сентября 1869 года, когда от полного расслабления, продолжавшегося в течение 9 лет, исцелилась 28-летняя крестьянка Тульской губернии Фекла Адрианова. Прожив в гостинице при пещерах, а потом в Лавре до празднования преставления Преподобного Сергия (25 сентября), Фекла совершенно выздоровела. Святитель Иннокентий, митрополит Московский (1797-1879; память 23 сентября и 31 марта), узнал о чуде от своей дочери, казначеи Борисовской пустыни, монахини Поликсении. На празднике Преподобного Сергия он сам встретился с Феклой и расспрашивал ее обо всех обстоятельствах исцеления.

26 сентября 1869 года святитель Иннокентий прибыл в Гефсиманский скит и благословил совершить молебное пение пред прославившейся иконой и сам молился со слезами. До 26 сентября произошло еще три благодатных исцеления и целый ряд чудес в ноябре того же года. Слава иконы Божией Матери распространялась с необычайной быстротой. Измученные страданиями и болезнями, жаждущие телесного и духовного исцеления, люди самых разных сословий с твердой верой шли к чудотворной иконе, и милость Божия не оставляла их. К началу ХХ в. было засвидетельствовано более 100 чудес. Большим почитанием пользовалась икона у подвижников Гефсиманского скита: у схимонаха Филиппа († 18 мая 1868), основавшего пещеры, у его трех сыновей - иеросхимонахов Игнатия († 1900), Порфирия († 1905?) и Василия († 1 апреля 1915). Сохранились сведения о той глубокой любви, которую проявлял к Черниговской-Гефсиманской иконе старец иеромонах Исидор († 3 февраля 1908). Первоначально празднование иконе было установлено 16 апреля, в тот же день, что и празднование Черниговской-Ильинской иконе, а затем перенесено на день прославления - 1 сентября. Ныне в Троице-Сергиевой Лавре известны чтимые списки с Черниговской - Гефсиманской иконы в храме в честь Преподобного Сергия, в монастырской трапезной и в притворе Троицкого собора, писанные старцами Гефсиманского скита и Зосимовой пустыни.