Войсковой собор святого благоверного князя Александра Невского был заложен 1 апреля 1853 г. настоятелем Екатерино-Лебяжской Николаевской пустыни архимандритом Никоном по благословению епископа Кавказского и Черноморского Иоанникия (Образцова). Строительство производилось по проекту войсковых архитекторов Ивана Черника и Елисея Черника.

8 ноября 1872 г. епископ Кавказский и Екатеринодарский Феофилакт (Губин) освятил новопостроенный храм. Здание собора было кирпичным, купола — из железа Демидовского завода. Стены были украшены лепкой с позолотой, иконостас — позолоченный резной, работы Федора Рубцова. Иконы храма писала петербургская артель художников под руководством Ф.С. Журавлева. К настоящему времени иконостас и иконы не сохранились.

22 сентября 1888 г. собор посетил император Александр III с супругой и сыновьями — Николаем, атаманом всех казачьих войск Российской Империи, и Георгием.

Спустя четверть века, 24 ноября 1914 г., войсковой собор вновь посетил, приняв участие в казачьем круге, император Николай II.

28 октября 1929 г. собор был закрыт, кресты и купола с него сняты. В нижнем приделе был размещен музей атеизма, а в верхнем — дом культуры. 30 марта 1932 г. Краснодарский горсовет принял решение о сносе здания; церковь разобрали к 1 мая того же года.

В 1995 г. в сквере им. Г. Жукова, на месте разрушенного Войскового собора было начато строительство храма-часовни св. блгв. кн. Александра Невского. В 2000 г. состоялся конкурс проектов по воссозданию храма, в котором победил архитектор В.Т. Головеров.

17 декабря 2003 г. митрополит Екатеринодарский и Кубанский Исидор совершил закладку воссоздаваемого храма, строительство которого было начато по инициативе губернатора Краснодарского края А.Н. Ткачева.

15 июня 2005 г. приснопамятный Святейший Патриарх Алексий II совершил освящение крестов и колоколов нового собора.

28 мая 2006 г. митрополит Смоленский и Калининградский (ныне Святейший Патриарх Московский и всея Руси) Кирилл освятил воссозданную церковь.

12 сентября 2007 г. епископом Ейским Тихоном было совершено освящение мраморного иконостаса собора.

***

В соборе пребывают святыни:

• ковчег с частицей мощей св. блгв. кн. Александра Невского (хранится в алтаре);
• обновленная Казанская икона Божией Матери (правый придел);
• ковчег со святыми мощами угодников Божиих: свт. Димитрия Ростовского, прп. Иова Почаевского, св. блгв. кн. Андрея Боголюбского, Печерских святых (центральный придел).

При соборе действуют церковно-приходская школа, а также Сестричество во имя святой страстотерпицы царицы Александры Феодоровны.