Богоявленский собор — один из древнейших в городе Томске. Это самое старинное каменное здание в Томске. На месте, где стоит церковь, в начале XVIII века располагалось древнее кладбище. Храм берет свое начало от небольшой церкви Крещения Господня, построенной в 1633 году. Деревянный храм неоднократно страдал от пожаров, но каждый раз снова восстанавливался. 31 декабря 1776 года было решено возвести на месте обветшалой деревянной церкви каменную. Заложен новый каменный двухэтажный храм был в 1777 году к западу от прежней деревянной церкви (ближе к реке Томь). А на том месте, где у старого деревянного храма находился алтарь и святой престол, по церковному обычаю был устроен небольшой кирпичный памятник (в 1858 году этот памятник убрали и на его месте соорудили Иверскую часовню).

Храм имеет особое значение для истории Томской земли. Несмотря на незавершенность строительства именно Богоявленскую приходскую церковь выбрал первый Томский губернатор, действительный статский советник Василий Семенович Хвостов в качестве главного храма города, в котором предстояло в праздник Преображения Господня 6 августа 1804 года всенародно огласить торжественное открытие Томской губернии.

В 1929 году храм был закрыт. Еще некоторое время богослужение в храме продолжалось, но недолго, до января 1930 года. В здании храма разместились курсы «Сибжелдорстроя».

В 1942 году все помещения церкви были переоборудованы под цеха эвакуированного в Томск московского завода «Красный богатырь». С 1947 по 1994 гг. здесь размещались корпуса Томского завода резиновой обуви.

За это время здание храма было практически уничтожено: были сняты все колокола, сорваны все кресты с храма, был полностью утрачен восьмерик с куполом, разрушены завершения колокольни и храмовой части, к восточному фасаду пристроено двухэтажное здание, на южном фасаде срублен декор и изменена форма окон.

В 1994 году Богоявленский храм был передан Русской Православной Церкви. Начались широкомасштабные работы по разборке цехов бывшего завода и высвобождению двухэтажного здания храма из массы заводских пристроек и надстроек, которые продолжались несколько лет. Собор буквально был восстановлен из руин.

8 января 2000 года, епископ (ныне — митрополит) Томский и Асиновский Ростислав совершил освящение первого восстановленного придела собора — Архангела Михаила, и после более чем 50-летнего перерыва здесь было совершено первое богослужение. Все реставрационные работы закончились к 2003 году.

Рядом с Богоявленским собором были сооружены учебные и жилые корпуса Томской духовной семинарии и церковно-административные помещения. В 2009 году были начаты росписи верхних приделов храма, которые завершились к 2011 году.

В том же году по благословению Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Кирилла Томской епархии была передана часть святых мощей святителя Макария (Невского) — его честная десница. Местом постоянного пребывания святыни стал Богоявленский кафедральный собор г. Томска. Перед святыми мощами ежедневно по окончании Божественной литургии совершается краткий молебен святителю Макарию.

При соборе осуществляют свою деятельность воскресная школа для детей, воскресная школа для взрослых, православный молодежный клуб.

Святыни собора:

• десница святителя Макария (Невского), митрополита Московского, Томского чудотворца;
• образ Живоначальной Троицы. В 1604 году повелением царя Бориса Годунова казацким головою Писемским и боярским сыном Тырковым основывается город-крепость Томск. В крепости воздвигается первый деревянный храм во имя Святой Троицы. В церкви помещается и икона Троицы, присланная самим Борисом Годуновым в благословение новому городу. Таким образом, город Томск был посвящен Пресвятой Троице. На протяжении веков икона Троицы бережно хранилась томичами и благоговейно почиталась как святыня. Икона была безвозвратно утрачена в годы революции. К празднованию 400-летия Томска было принято решение о восстановлении образа. В качестве образца для копирования была взята прославленная чудотворная икона Пресвятой Троицы письма преподобного Андрея Рублева. Епископ Ростислав вместе с губернатором Томской области В.М. Крессом обратились с письмом к директору Государственной Третьяковской галереи с просьбой разрешить работу иконописцам-копиистам со всемирно известным оригиналом иконы. Разрешение было получено. К работе были привлечены специалисты Всероссийского научно-реставрационного центра им. академика Грабаря в Москве, в частности, иконописец-реставратор высшей категории М.Н. Скутте. Икона прибыла в Томск к празднику Святой Троицы в 2003 году.

22 сентября 2013 года Божественную литургию в Богоявленском соборе совершил Святейший Патриарх Московский и всея Руси Кирилл.