Богородице-Алексиевский мужской монастырь г. Томска был основан в 1605 году в 9 верстах от Томска на р. Большая Киргизка и получил название Усть-Киргизский (Богородский). В 1656 году случился пожар, уничтоживший деревянный храм обители. Монастырь перенесли в Томск на Юрточную гору.

В 1662 году в монастыре был возведен первый деревянный трехпрестольный храм в честь Казанской иконы Божией Матери с приделами в честь преподобного Алексия, человека Божия, и мучеников Флора и Лавра. В 1681 году монастырь в числе трех старейших сибирских обителей был принят под личное покровительство царя Феодора Алексеевича. В 1695 году игумены Богородице-Алексиевского монастыря получили сан архимандритов.

В 1698 году в монастыре была открыта первая в Томске школа. С XVII века при монастыре организована первая в городе больница и богадельня. В 1746 году в монастыре открыто русское духовное училище. В 1764 году монастырь стал штатным и причислен к 3-му классу. Его настоятели вновь стали игуменами.

Первый каменный, ныне существующий храм обители был заложен в 1776 году. В 1779 году были освящены боковые приделы, а в 1789 году — главный придел храма в честь Казанской иконы Божией Матери.

В 1818 году при монастыре устроена русско-латинская гимназия, преобразованная затем в Томское духовное училище. После открытия Томской епархии с 1834 г. по 1883 г. Богородице-Алексиевский монастырь стал резиденцией томских архиереев, на территории монастыря был построен архиерейский дом.

В 1864 году в ограде обители был похоронен святой праведный старец Феодор Томский. Могила старца сделалась местом паломничества. Казанский храм и могилу старца Феодора у алтаря храма посещали многие известные и выдающиеся люди России, в том числе представители царского Дома Романовых: великие князья Владимир Александрович (1868) и Алексей Александрович (1873), цесаревич (с 1894 г. — император) Николай Александрович (1891). В 1904 году над склепом св. Феодора Томского почитателями старца была возведена каменная часовня.

В 1923 году монастырь был закрыт; последним настоятелем обители был архимандрит Ираклий (Попов), который, впоследствии став епископом на Урале, был расстрелян в 30-х годах. В том же году происходили многочисленные явления святого праведного Феодора Томского у часовни и над стенами обители. По одним сведениям, насельники обители были расстреляны в Томске, на Каштачной горе, по другим — монашеская братия перешла на свою заимку в устье реки Большой Киргизки, где просуществовала до лета 1937 года. Дальнейшая судьба насельников осталась неизвестна.

В 1941-1945 гг. в монастыре располагался военный госпиталь. Со временем монастырские здания были переданы Томскому педагогическому техникуму, в том числе и частично разобранная Казанская церковь, с которой сорвали все главы с крестами, снесли колокольню, переоборудовали ее помещение под мастерские и хозяйственные нужды, а затем в ней устроили спортзал.

В 1992 году здание Казанского храма и часть келейного корпуса было полностью передано Томскому благочинию Русской Православной Церкви. В пасхальную ночь 1992 года состоялось первое богослужение в реставрируемом храме.

5 июля 1995 года состоялось обретение мощей святого праведного Феодора Томского. Мощи пребывают в Казанском храме монастыря. В 1996-1998 гг. была восстановлена часовня над местом его захоронения.

Начиная с 1992 года монастырь восстанавливался практически из руин. За это время был полностью восстановлен Казанский храм, в том числе и на средства, выделенные государством в рамках программы «Культура России». Была заново отстроена монастырская стена, расселены жилые дома, находившиеся на монастырской территории. В 2006-2010 гг. в ограде обители был возведен новый трехэтажный корпус с домовым храмом во имя Трех святителей. В нем открылся церковно-культурный центр и детская воскресная школа. В монастыре действует самая большая в городе библиотека духовной литературы. В настоящее время начались строительные работы по возведению северного корпуса монастыря.

22 сентября 2013 года монастырь посетил Святейший Патриарх Московский и всея Руси Кирилл.