История ростовского Спасо-Яковлевского Димитриева монастыря насчитывает более 600 лет. На разных этапах своего существования он менял свой статус: с середины XVII в. — был приписан к Ростовскому архиерейскому дому; во второй половине XVIII в. — получил титул ставропигии и поступил в ведомство Святейшего Синода; с последней четверти XIX в. — служил резиденцией викарных архиереев Ярославо-Ростовской епархии; в настоящее время является обителью, возглавляемой ярославским владыкой.

Название Яковлевского монастыря с течением времени также неоднократно изменялось. При основании он был назван Зачатиевским. Впоследствии за ним прочно закрепилось имя его основателя, св. Иакова, и на протяжении многих столетий монастырь назывался Яковлевским. В первой четверти XIX века, в память о присоединенной Спасо-Песоцкой обители и в знак уважения к святителю Димитрию Ростовскому, монастырь получил имя Спасо-Яковлевский Димитриев.

Основан свт. Иаковом в 1389 году. Епископ Иаков скончался в 1392 г. и был погребен у северной стены Зачатиевского храма новой обители, «в церкви сей за левым крылосом». По прошествии времени у гроба святителя начали происходить чудотворные исцеления. Свт. Иаков был причислен к лику святых на Соборе 1569 г.

Яковлевская обитель располагалась по соседству с мужским Спасо-Песоцким монастырем. Он был основан еще в XIII в. ростовской княгиней Марией (†1271), женой князя Василько Константиновича, погибшего 4 марта 1238 г. в битве с татарами на реке Сить. Княгиня Мария после смерти мужа правила Ростовским княжеством. С ее именем связано возобновление местного летописания. Княгиня Мария и ее младший сын Глеб были похоронены в соборе Спасского монастыря.

Почти четыре столетия Яковлевская и Спасо-Песоцкая обители стояли рядом. Во второй половине XVIII в. эти два монастыря составили единое целое, причем более древний и богатый Спасский был присоединен к Яковлевскому.

В начале XVII в. Яковлевский монастырь наделяется землей: в 1624 г. царь Михаил Федорович жалует игумена Павла с братией вотчинами в Порецком стане Ростовского уезда и рыбной ловлей на реке Вексе. На протяжении XVII столетия земельная собственность монастыря растет, ростовские писцовые книги фиксируют в составе его вотчины 18 пустошей, в которых насчитывалось 34 дворовых места. На эти владения в 1679 г. монастырю была дана жалованная грамота царя Федора Алексеевича.

Долгие годы как ценная памятная реликвия в обители сохранялся небольшой четырехпудовый колокол, называемый «Царским», который был пожалован царем Алексеем Михайловичем в 1652 г., в память о кончине московского патриарха Иосифа.

Значительный перелом в истории обители последовал в середине 50-х годов XVII столетия, когда по воле ростовского митрополита Ионы она была приписана к архиерейскому дому. Митрополит Иона Сысоевич, возглавлявший Ростовскую епархию в 1652-1690 гг. — известный церковный деятель, видный иерарх, создатель каменного ансамбля Ростовского архиерейского дома.

Для Яковлевского монастыря получение статуса приписного имело огромное значение, поскольку без всякого преувеличения это сохранило его жизнь. В то время небольшой, небогатый и неизвестный Яковлевский монастырь едва сводил концы с концами. Присоединение к архиерейскому дому обеспечило ему материальную поддержку, поскольку все приписные монастыри содержались за счет владычной кафедры.

В 1752 г. в Яковлевском монастыре произошло обретение мощей свт. Димитрия Ростовского. При гробе святителя начали совершаться чудотворения. О первых исцелениях, случившихся в Яковлевском монастыре, митрополит Арсений сообщил в Синод уже через три недели после открытия мощей. Исцеления именем Димитрия, по молитве к нему, происходили не только в Ростове, но и по всей России. Слепые прозревали, расслабленные начинали ходить, тяжелые недуги, годами мучившие людей, отступали. «Российский целебниче и новый к Богу молитвенниче», — поет Церковь святителю Димитрию.

Императрица Елизавета Петровна пожертвовала обители серебряную раку весом в десять с половиной пудов и стоимостью около 13 тысяч рублей, а также дорогое облачение из золотой парчи. Но государыня умерла, не успев передать дары в монастырь. На торжествах положения мощей свт. Димитрия в новую серебряную раку, проходивших в Ростове в мае 1763 г., присутствовала императрица Екатерина II.

Канонизация свт. Димитрия Ростовского в корне изменила существование Яковлевского монастыря. Прежде всего, она сохранила ему жизнь. Обитель благополучно пережила монастырскую реформу 1764 г., при которой значительное число монастырей и пустынь было упразднено или оставлено без средств к существованию. Именным распоряжением императрица Екатерина запретила упразднение Яковлевского монастыря по причине того, что он хранил мощи святителя Димитрия. Поначалу он был утвержден заштатным, то есть, оставлен без государственной поддержки, но продолжалось это недолго, до марта следующего года.

Новый период истории Яковлевского монастыря открывается в начале марта 1765 г., когда именным высочайшим указом он был удостоен титула ставропигии, благодаря чему вышел из системы епархиального подчинения и поступил в ведомство Синода.

Во второй половине XVIII в. монастырский ансамбль заново отстраивается в камне: на месте деревянных строений возводится ограда с башнями, сооружаются жилые и хозяйственные корпуса, воздвигаются колокольня и новый храм.

В конце XVIII столетия был построен новый монастырский собор — огромный и величественный храм свт. Димитрия Ростовского, а в 30-х годах XIX в. — церковь свт. Иакова Ростовского.

С середины XIX в. Спасо-Яковлевский монастырь выглядел таким, каким мы можем видеть его сейчас. Высокая ограда с угловыми и надвратными башнями окружает парадный двор. В ряд расположены три храма. Напротив них, также в ряд, — двухэтажные келейные корпуса. По центру восточной стены ограды, над святыми вратами, — колокольня. За линией келейных корпусов — хозяйственный двор, огражденный невысокой стеной, на котором возвышается Спасо-Преображенский храм. Все строения монастыря — каменные, массивные, величественные.

В советское время обитель был закрыта. В ее помещениях располагались склады, военные базы, детский сад. Обитель была возвращена Церкви в 1991 году. Решением Священного Синода от 7 мая 1991 года по рапорту архиепископа Ярославского и Ростовского Платона (Удовенко) монастырь был возобновлен. Первое после долголетнего перерыва богослужение состоялось в Спасо-Яковлевском монастыре 7 апреля 1991 года.

4 июня 1991 года Ростовский музей передал Спасо-Яковлевскому монастырю мощи святителя Димитрия. В конце того же года в обитель из музея были переданы мощи преподобного Авраамия, основателя древнейшего ростовского монастыря — Богоявленского Авраамиева.

С 2003 года на территории монастыря находится Ярославское духовное училище. 1 августа 2004 г. в Спасо-Яковлевском монастыре открылся первый в области Православный миссионерский центр. Также при обители действует Православный медицинский центр во имя святителя Димитрия Ростовского.

Наместник обители — игумен Серафим (Симонов).