1620   Скит с пустынножительным Афонским уставом основан преподобным Елеазаром Анзерским на берегу морской губы на месте старинных монастырских солеварен, по благословению преподобного игумена Иринарха, испросившего разрешение государя Михаила Феодоровича и Патриарха Филарета. Место размещения скита было выбрано самим игуменом Иринархом не случайно: однажды монастырские трудники, ловившие рыбу, увидели здесь знамение — «столп огнен, до небес восходящ».

1621   Построена первая деревянная церковь в честь Живоначальной Троицы с приделом преподобного Михаила Малеина — небесного покровителя царя Михаила Феодоровича.

1628   Ко двору государя Михаила Феодоровича, не имевшего наследника мужского пола, был вызван преподобный Елеазар, по молитвам которого родился государь Алексей Михайлович (1629).

1635   В Свято-Троицком скиту принял монашеский постриг с именем Никон священник Никита Минов, будущий Патриарх всея Руси.

1633   Государь объявил Анзерский скит независимым от Соловецкого монастыря.

1655   В скиту воздвигнут первый каменный храм с тремя престолами: в честь Живоначальной Троицы, во имя преподобного Михаила Малеина и в честь иконы Пресвятой Богородицы «Знамение».

1656   Преподобный Елеазар Анзерский мирно отошел ко Господу и был похоронен за алтарем храма.

1702-1713   В скиту подвизался и стал скитоначальником преподобный Иов (в схиме Иисус) Анзерский.

1764   Свято-Троицкий скит окончательно приписан к Соловецкому монастырю.

1801-1803   Храм Живоначальной Троицы был обновлен, к нему пристроили каменный двухэтажный братский корпус.

1829-1837 Построены двухэтажный деревянный корпус для трудников и паломников, валунная баня и другие хозяйственные постройки. Несколько позднее над каналом была возведена деревянная часовня в честь иконы Пресвятой Богородицы «Знамение».

1880-1884   По проекту архангелогородского архитектора Введенского производилась последняя перестройка Свято-Троицкого храма, могила преподобного Елеазара Анзерского оказалась внутри храма у алтаря.

1924   После закрытия Соловецкой обители на Анзере было организовано IV отделение Соловецкого лагеря особого назначения. Троицкий скит стал административным центром Анзерского отделения. Здесь содержались политзаключенные, женщины с грудными детьми, православное и католическое духовенство.

1929-1931   В келейном корпусе скита находились в заключении инокини разных монастырей.

1939   Соловецкая тюрьма ОГПУ упразднена, скит был заброшен.

2001   После возобновления обители в Свято-Троицком скиту стали совершаться регулярные богослужения.

2007-2009   В скиту ведутся противоаварийные и реставрационные работы.

2009   Воссоздана часовня в честь иконы Пресвятой Богородицы «Знамение» над каналом.