Свято-Троицкий Стефано-Махрищский монастырь находится в пятнадцати километрах от города Александрова (Владимирская область), у слияния рек Молокчи и Махрищи. Обитель была основана в середине XIV века преподобным Стефаном, выходцем из стен Киево-Печерского монастыря. По благословению митрополита Московского Алексия преподобный Стефан поставил здесь храм во имя Живоначальной Троицы, соорудил келью и вскоре вокруг него собралась братия, а сам он стал игуменом. В течение веков Троицкий храм не раз перестраивался, но всегда оставался главным храмом монастыря.
В конце XV века в обители случился сильный пожар, который почти полностью истребил все постройки. Монастырь оказался в крайнем запустении. В 1557 году игуменом стал Варлаам, прадед которого, иеромонах Серапион, подвизался в Махрищском монастыре, помнил преподобных Сергия и Стефана и, будучи уже древним старцем, много рассказывал о них правнуку. Игуменство Варлаама было временем расцвета обители, число братии составило более 60-ти человек.
При построении нового каменного Троицкого храма в 1557 году были обретены нетленными мощи преподобного Стефана. По благословению священноначалия мощи святого были оставлены под спудом, а над ними сооружена церковь в честь преподобного Стефана, ставшая северным приделом Троицкого храма (впоследствии перестроена в отдельную церковь). Освящен придел был в 1558 году в присутствии царя Иоанна Грозного и его супруги Анастасии, пожертвовавшей облачения на престол, пелены к иконам и покров на раку преподобного Стефана.
В период по окончании Смутного времени новый подъем Стефано-Махрищского монастыря связан с именем митрополита Московского Платона (Левшина, 1731-1812), выдающегося богослова и проповедника. Владыка полюбил этот монастырь и в летнее время две-три недели проводил в его стенах. Попечением митрополита Платона были сооружены каменная ограда (1791-1792), над восточными воротами — церковь преподобного Сергия Радонежского (1792), а над северными — первоверховных апостолов Петра и Павла (1806), братские корпуса; перестроена древняя Троицкая церковь (1807-1808).
В XIX веке благоустройство монастыря было продолжено. В 1900 году старанием иеромонаха Алипия в монастыре был устроен детский приют для сирот и детей бедного окрестного населения и церковно-приходская школа. При монастыре имелась большая библиотека.
В 1922 году обитель была закрыта, а ее храмы и постройки переданы под хозяйственные нужды. На территории монастыря попеременно размещались детский дом для беспризорников, общежитие, турбаза. В годы войны Стефановская и Троицкая церкви были разобраны на кирпичи для строительства аэродрома.
В 1993 году в разрушенном корпусе, примыкавшем к храму апостолов Петра и Павла, поселились первые насельницы со старшей сестрой монахиней Елисаветой, ставшей вскоре их настоятельницей. Махрищский монастырь, основанный вновь как скит Александровского Успенского женского монастыря, в 1995 году стал самостоятельным монастырем. В 2004 году монастырь обрел статус ставропигиального.
За эти годы были восстановлены из руин храм преподобного Стефана, надвратный храм преподобного Сергия, храм святых апостолов Петра и Павла. Постепенно была благоукрашена территория, восстанавлены корпуса, а также проведены раскопки на месте Троицкого храма, но восстановить его оказалось невозможным.
В 2005 году по благословению приснопамятного Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II, посетившего обитель, в архитектурный ансамбль Свято-Троицкого Стефано-Махрищского монастыря был включен приходской храм Махрищской слободы преподобного Сергия, находящийся у стен обители. В мае 2006 года началась реставрация разрушенного храма, завершившаяся осенью 2009 года. Восстановленный в его прежнем историческом облике храм преподобного Сергия Радонежского по благословению Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Кирилла освящен по имя Святой Живоначальной Троицы. Так возродившаяся Троицкая обитель вновь обрела свой главный престол.
Патриархия.ru