29 мая 2011 года Святейший Патриарх Московский и всея Руси Кирилл совершил молебен на обновление домовой церкви Санкт-Петербургской духовной академии, после чего возглавил служение Божественной литургии в воссозданном храме.
Храм святого Иоанна Богослова Санкт-Петербургских духовных школ (наб. Обводного кан., 17) исторически относился к Санкт-Петербургской духовной семинарии (здание Духовной академии с храмом во имя Двенадцати апостолов, построенное в 1817-1819 гг., до сих пор не возвращено Русской Православной Церкви).
Семинария, предшествующие которой духовные школы с 1721 г. находились в корпусах Александро-Невского монастыря, согласно воле императора Николая I обрела новое отдельное здание в 1838-1841 гг. Строительный комитет возглавил ректор семинарии архимандрит Афанасий (Соколов), впоследствии архиепископ Казанский и Свияжский. Проект здания в стиле классицизма с домовой церковью составил синодальный архитектор академик Аполлон Федосеевич Щедрин (1796-1847). Церковь совместили с актовым залом, отделив алтарь подвижной перегородкой. Освящение храма совершил 26 сентября 1841 г. митрополит Киевский и Галицкий Филарет (Амфитеатров) уже при новом ректоре семинарии архимандрите Феогносте (Лебедеве), впоследствии архиепископе Псковском и Порховском. В 1859 г. для семинарского храма учреждается особый штат (до этого в нем служили лаврские иеромонахи).
В разные годы в семинарском храме молились причисленные ныне к лику святых ее ректор священномученик Вениамин (Казанский), воспитанники священномученики Алексий (Ставровский), Философ (Орнатский), Михаил (Чельцов) и др.
После празднования 75-летия семинарии (1884) была осуществлена реконструкция здания. В 1886-1887 гг. по центральной оси по проекту архитектора Синода Николая Никифоровича Маркова (1815-1895) был пристроен со двора трехэтажный объем с наружной отделкой в русском стиле. В его верхний этаж перенесли храм, освященный 18 декабря 1888 г. архиепископом Холмским и Варшавским Леонтием (Лебединским), (впоследствии митрополит Московский и Коломенский). Из прежнего помещения, в котором остался актовый зал, перенесли барельефы работы скульптора В.И. Демут-Малиновского и иконостас. Академик живописи П. С. Шильцов к ноябрю 1890 г. написал для дополнительной части иконостаса 8 икон, а также расписал плафон над алтарем. С 1900 г. при семинарском храме действовало братство св. Иоанна Богослова для помощи неимущим студентам.
Церковь была закрыта вместе с духовной семинарией в 1918 г. и полностью утратила внутреннее убранство и завершения.
При возрождении духовных школ, преимущественно усердием митрополита Григория (Чукова), храм был освящен 8 октября 1946 г. на прежнем месте, но с внутренним убранством, собранным из разных церквей (в частности, Никольского храма в с. Пельгора Тосненского района). Храм, совместивший функции ведомственного и приходского, получил новые святыни, среди которых особо почитаема икона Божией Матери «Знамение» Царскосельская.
В 2005 г. в ходе капитального ремонта были полностью утрачены роспись, лепнина и витражи, изготовленные после войны. 25 сентября 2006 г. Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II совершил малое освящение академического храма, а 4 октября 2008 г. ректор СПбДА архиепископ Тихвинский Константин (Горянов) (ныне архиепископ Курганский и Шадринский) освятил престол и храм. Начатая к тому времени роспись в стиле, приближенном к византийскому, не соответствовала архитектуре храма, его внутреннему убранству и исторически сложившемуся облику.
С 2009 г. по благословению Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Кирилла, бывшего ректором ЛДА в 1974-1984 гг., началось воссоздание художественного убранства храма. Проект, представленный Его Святейшеству, был разработан весной 2009 г. мастерской «Образ» под руководством А.А. Бурлакова и К.В. Яковлева, художественный надзор осуществлял ректор СПбДА епископ Гатчинский Амвросий, научно-архитектурное консультирование — автор иконографической программы, председатель Архитектурно-художественной комиссии Санкт-Петербургской епархии профессор игумен Александр (Федоров). Концепция работ по воссозданию убранства храма состояла в максимальном приближении к исторической стилистике, композиции и колориту, при наличии новой тщательно разработанной иконографической программы. Помимо росписей храма, по аналогам созданы живописное убранство обратной стороны алтарной преграды в форме ампирного фасада с порталами, гипсовая лепнина, окна с витражами оригинальной конструкции, киоты, аналои и мебель для алтаря в ампирном стиле, новые системы освещения и озвучивания храма. К маю 2010 г. роспись сводчатого потолка храма была завершена.
31 августа 2010 г. епископ Амвросий совершил освящение новых росписей алтаря, выполненных на холстах, наклеенных на стены, после чего были завершены росписи основного объема, притвора и прилегающих помещений.
В течение последнего года проводилась кропотливая работа по реставрации запрестольного креста. Были отреставрированы и позолочены евхаристические сосуды, дарохранительница, напрестольные подсвечники, иконы Спасителя и Божией Матери с Царских врат. В храм вернулись иконы свт. Василия Великого и прп. Иоанна Ветхопещерника с надгробия профессоров В. Болотова и И. Троицкого, а также 6 икон XIX века. Для них, а также для икон прп. Серафима Саровского и св. прав. Алексия, человека Божия, были изготовлены десять новых киотов.
29 мая 2011 года Святейший Патриарх Московский и всея Руси Кирилл совершил чин малого освящения храма Санкт-Петербургской духовной академии, после чего возглавит здесь служение Божественной литургии.
По материалам пресс-службы СПбДА
Патриархия.ru