Монастырь основан около 1360 года. Поводом к его возникновению послужило следующее чудесное обстоятельство. Однажды святитель Алексий, митрополит Московский, совершал молитвенное правило в своей келье перед иконой Богоматери. Когда прочитан был уже акафист Пречистой Деве, вдруг необыкновенный свет озарил келью митрополита, и от образа Пресвятой Богородицы ему двукратно послышался чудный глас, говоривший святителю:
- Алексие! Подобает тебе поставить монастырь имени Моему

Святитель спросил, где надлежит ему устроить обитель, на что был ему ответ:
- В пределах града Серпухова, тамо бо возлюбих место на спасение многим душам человеческим.

Повинуясь воле Царицы Небесной, святитель Алексий в скором времени послал ученика своего Варлаама в Серпухов выбрать место для нового монастыря. Когда святитель Варлаам пришел в Серпухов, особое знамение указало ему место на холме, покрытом дремучим бором и расположенном у слияния реки Оки и Нары. При этом чудесном откровении Варлааму последовало дивное видение. Варлаам увидел ангелов, держащих обитель на своих раменах, а в ней храм. В дверях этого храма стоял первосвященник Захария, к которому по ступеням шествовала Святая Дева Мария в сопровождении Своих родителей. Когда Пречистая приблизилась к первосвященнику, он взял Ее и ввел во храм.

Предание повествует, что Варлаам был не только утешен, ободрен и укреплен этим видением, но из него он должен был уразуметь и то, что Богоматерь Сама благословляет его устроить храм и монастырь и именно в честь Введения Ея во храм. Видение показало строителю, что даже ангелы будут помогать ему в деле построения храма и хранить обитель, что в этой церкви Сама Владычица Небесная будет пребывать так же Своей благодатью, как некогда Она пребывала в храме Иерусалимском, в который введена была своими родителями. Преподобный Варлаам сам говорил, что монастырь этот назовется Владычным, потому что он видел Владычицу и дело создания обители было по Ея помышлению. Преподобный с благоговейным трепетом хранил в своем сердце это видение и просил самого святителя Алексия не спрашивал о нем до смерти. Но видение это не осталось неизвестным. Когда в старости ослепшему преподобному Варлааму чудесным образом было даровано прозрение, он письменно поведал о дивном знамении Божественного благоволения.

Первый храм Владычного монастыря, созданный преподобным Варлаамом, был деревянным. В 1362 году вместо старого деревянного преподобным Варлаамом был сооружен каменный храм.

Первым настоятелем монастыря был его основатель св. Варлаам. Перед своей кончиной преподобный просил святителя Алексия приехать к нему в обитель, освятить новую церковь и предать его тело упокоению. В 1377 году святитель совершил погребение и по завещанию положил тело преподобного в паперти Введенского храма.

После смерти св. Варлаама обитель все более расширялась и процветала несмотря на бранные тревоги, в которых монастырю пришлось принимать участие. Особенно тяжелыми для обители были времена междуцарствия. В это время монастырь стал настоящей крепостью, окруженной стенами и снабженной боевыми орудиями и припасами.

Период упадка для монастыря наступил в начале 18 столетия, когда он был приписан к Заиконоспасской обители в Москве. Хотя самостоятельность монастыря вскоре была восстановлена, это не поправило его положения. В 1737 году во всей обители остался только один престарелый иеромонах. К концу 18 века Владычный монастырь пришел практически в полное запустение: братия обители разошлась, кельи и храмы обветшали, богослужение прекратилось. В виду столь печального положения монастыря Московский иерарх Платон решил обратить Серпуховскую обитель в женский монастырь, что и было сделано в 1806 году. Вскоре монастырь был полностью благоустроен как внешне, так и внутренне.

Драгоценной святыней обители, главной целью многочисленных богомольцев, посещающих Владычный монастырь, был гроб ее основателя преподобного Варлаама. Гробница была деревянной, помещалась на каменном надгробии и сверху была покрыта древней иконой преподобного. В подножии стоял также древний образ Введения Пресвятой Девы Марии во храм, а сверху гробницу угодника Божия осенял балдахин на золоченных колоннах. Надпись на гробнице гласила: «Лет 6685, мая в 5 день преставися раб Божий первый начальник святыя обители сея преподобный отец строитель инок Варлаам, келейник святителя Алексия митрополита, погребен на сем месте».

В соборном храме Введения Пресвятой Богородицы во храм хранился также и ковчег с частью мощей другого основателя обители, святителя митрополита Алексия. Кроме этих святынь Введенский собор хранил много других древних и досточтимых святых икон. Особенно чтилась жителями города Серпухова храмовая чудотворная икона Введения Богоматери, написанная в 14 веке и украшенная драгоценным окладом древней работы. В храме находился чудотворный образ святого Иоанна Воина и икона Владимирской Божией Матери, запрестольный образ Богоматери «Умиление» древнего письма, Нерукотворенный образ Христа Спасителя, иконы св. Георгия Победоносца, святителя Николая Чудотворца и св. Алексия, митрополита Московского. Не менее привлекали внимание богомольцев и любителей православной древности и три находящихся в соборе старинных складня, один из которых помещался над царскими вратами, два других - на правом и левом столпах храма.

К северной стороне Введенского соборного храма Владычной обители примыкала древняя каменная церковь 15 века во имя трех святителей московских: Петра, Алексия и Ионы. Под ним находилась усыпальница с древними каменными надгробиями.
Третий храм обители - двухярусная церковь во имя св. великомученика Георгия Победоносца, который всегда был особенным покровителем Владычного монастыря.

К северной стороне Георгиевской церкви был пристроен придел во имя св. царевича Дмитрия, воздвигнутый повелением царя Василия Ивановича Шуйского. Этот придел - один из первых, если не первый в России храм, посвященный св. Дмитрию. Помещающийся же в этом приделе храмовый чудотворный образ св. Дмитрия представляет самое первое и самое верное изображение царевича. Под Георгиевском храме в нижнем ярусе прежде была монастырская хлебопекарня, а с 1818 года там помещалась церковь во славу Вознесения Господня. Под приделом св. Дмитрия в 1840 году устроен придел во имя св. Николая Чудотворца. Храмовая икона святителя чудесным образом явилась в упомянутой хлебопекарне.

Пятый храм Владычного монастыря, посвященный Нерукотворенному образу Спасителя, находился над монастырскими вратами. Церковь была построена в 16 веке по благословению патриарха Иова, грамота которого хранилась в обители. Святынями храма были храмовый образ Нерукотворенного Спаса и икона Иверской Божией Матери, привезенная с Афонской горы архимандритом Ксенофонского монастыря Матфеем.

С именем преподобного Варлаама связано явление в 1878 году иконы Божией Матери "Неупиваемая Чаша".
Ныне в монастыре находится почитаемой список с утерянной после революции чудотворной иконы.
Монастырь вновь передан Церкви в 1995 году в полуразрушенном состоянии.

По материалам сайта благотворительного фонда "Русское Православие"